即便是采用特殊设计的通风柜，也只有有效地使用这些设备，才能达到高效率。关键是要遵守正确的操作程序。
每一种型式的实验室通风柜都有其制造商的指示和程序。然而，一个好的通风柜的例子通常包括如下几个方面：
如果通风柜里面有大型设备，就把架子放在设备下面，这样空气就能从下面流动了。
如果是调试设备或在通风柜内工作，请始终保持通风柜关闭。
把所有容器或设备放在距通风柜表面6英寸以内的地方。
为使性能最大化，请尽可能将实验室通风柜的窗户关闭。如有电力中断，请将排气扇减至1英寸以下。让一部分空气继续进入通风柜，以产生烟囱效应。
4、尤其注意：
像纸产品，化学擦纸和铝箔。像这样的轻材料很容易被吸入排气管，从而阻碍了空气流动。
如采用台式通风柜，则应采用滑动窗挡板。这能保护你，使你的脸远离工作区。
重点管理与维护。
将适当的维修管理与维修更新相结合，是保证实验室通风柜高效高效运行的关键。
5、应该执行的一些内部和维修程序包括：
不要把包括化学品在内的物品存放在通风柜里。他们不但阻隔了空气流动，而且干扰了污染控制。奥纳威小编建议，工作场所应始终保持至少50%的清洁。将危险化学品存放于经认可的安全柜内。如手术中需要化学药剂，则在实验室通风柜内尽量少用。生物安全柜有不同的功能，特别设计用来防止生物材料的暴露。对特殊化学或生物材料来说，正确使用柜体是很重要的。
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